FONASA e ISAPRE han establecido subsistemas de reaseguro para cubrir las enfermedades catastróficas de sus beneficiarios. Previo a la entrada en vigencia del AUGE o GES, FONASA disponía de un Programa de Enfermedades Catastróficas y las ISAPRES otorgaban y entregaban Cobertura Adicional de Enfermedades Catastróficas (CAEC). Actualmente es complementaria al GES, ya sea en forma directa y excluyente. La CAEC es un beneficio adicional al plan de salud otorgado por algunas ISAPRES que permite financiar, cumplidos ciertos requisitos, hasta en un 100% de los gastos derivados de atenciones de alto costo, tanto hospitalarias como algunas ambulatorias, realizadas en el país. La CAEC cubre todas las prestaciones de carácter hospitalario que no se encuentren afectas por las Garantías Explicitas en Salud (GES), y excepcionalmente cubre también, algunas prestaciones ambulatorias. Para efectos de este beneficio, una enfermedad es considerada catastrófica cuando la suma de los copagos que genere, es decir, los montos a pagar por el afiliado, es superior a un deducible determinado, que depende de la cotización mensual que paga cada beneficiario por su plan de salud y corresponde a 30 veces dicho monto.
Existe además un Fondo de Compensación Solidaria entre instituciones, que tiene por objeto solidarizar los riesgos en salud entre los beneficiarios de las ISAPRES, con relación a los problemas de salud contenidos en el Decreto que aprueba las Garantías Explícitas en Salud. El Fondo compensa entre sí a las ISAPRES por la diferencia neta que se produzca entre la capacidad y la necesidad financiera. En el subsistema de las Fuerzas Armadas y de Orden, no existe un sistema de reaseguro o de compensación de riesgos que apoye la cobertura de enfermedades catastróficas, pero, este sistema cuenta con servicios de bienestar que funcionan como fondos solidarios y su acción directa se facilita a través de su propia red asistencial.